В 1801 году Преображенская церковь была перестроена; с южной стороны был пристроен придел во имя Александра Невского180, над трапезою возведен второй этаж для ризницы, оба придела были соединены с главным храмом открытыми арками, и вся церковь была обращена в теплую. Над среднею частью здания был устроен купол с просветами181. Все здание церкви, с алтарями, в длину было 12 сажен, а в ширину - 9 сажен. В таком виде церковь существовала до 1876 года.
В 1876-1880 гг. Преображенская церковь вновь была перестроена по новому плану. Над среднею частью храма, четвериком, произведена накладка стен с дугообразными закомарами (теремами) со всех сторон и устроен свод; размер алтарей увеличен; наружные стены приделов увеличены в высоту - наложен второй этаж; пред входом в церковь устроено крытое каменное крыльцо (паперть) в два этажа, внутри которого устроена деревянная лестница в ризницу, которая помещалась на втором этаже. Снаружи все здание было покрыто железною крышей; над возвышающимся четвериком поставлено пятиглавие, а над алтарями - три малые главки; стены украшены пилястрами, поясками и сандриками. Внутри церковь вся заново была отделана: в главном храме устроен был трехъярусный резной с позолотой иконостас, а в приделах - такие же двухъярусные иконостасы. Полы в алтарях сделаны из каменных плит, а в церквах - из чугунных182.
В таком виде, за исключением внутренней отделки, здание церкви существует по настоящее время. Благодаря указанным переделкам, оно ни в археологическом, ни в архитектурно-художественном отношении не представляет особенного интереса. Замечательно только то обстоятельство, что среди местных городских и ближайших в уезде церквей на одной Преображенской церкви сохранилось обычное пятиглавие. Внутренняя же отделка церкви: иконостасы, иконы и стены - после 1880 г. уже несколько раз подновлялась и переделывалась. В настоящее время (1917 г.) отделка церкви богатая, но малостильная. Почти все иконы позднейшей живописи или поновлены. Из старинных икон следует отметить икону Божией Матери, именуемую "Прежде рождества и по рождестве Дева", находящуюся в Александровском приделе.
Деревянная Вознесенская церковь существовала до 1757 года. В этом году вместо нее была заложена каменная и в 1764 году освящена. Эта церковь стояла до 1796 года. Судя по рисунку ее на монастырском плане 1782 г. и на старой хоругви, средняя часть церкви была в два яруса и заканчивалась куполом, увенченным одной главкой; едва ли под всей церковью не было второго этажа, подвального. Вследствие оседания грунта, вскоре же после постройки здание церкви стало давать трещины, а потому в 1795 году решили его разобрать и построить церковь по новому плану. В 1796 году при копании рвов для фундамента новостроящейся церкви и были обретены мощи преп. Феодосия.
Новая Вознесенская церковь была окончена в 1825 году и в том же году освящена. Здание церкви позднейшей архитектуры, двухэтажное. Средняя часть верхнего этажа в два света, покрыта куполом с пятью двухъярусными главками. Снаружи стены храма с трех сторон украшены фронтонами с колоннами. Внутренняя отделка церкви богатая и более стильная, чем в Преображенском. Стены средней части главного храма украшены пилястрами, капители которых, а также и карнизы, поддерживаемые пилястрами, в настоящее время вызолочены. Иконостасы резные, золоченые. В средней части здания главный храм в честь Вознесения Господня, а по бокам его два придела: южный в честь иконы Тихвинской Божией Матери, а северный - во имя преп. Феодосия. В трапезе два придела: направо - во имя святителя Николая, Мирликийского чуд., а налево - в честь свят. Петра, митрополита Московского, и муч. Надежды. Кроме этих престолов, на хорах в 1866 году устроен храм во имя св. Тихона Задонского. В нижнем этаже здания, под Вознесенским храмом, устроен храм в честь Киевопечерских чудотворцев, а в 1844 году над местом, где были обретены мощи преп. Феодосия, устроена церковь во имя всех Вологодских чудотворцев.
В холодной Вознесенской церкви в летнее время под аркой, соединяющей ее с левым приделом, открыто покоятся мощи преподобного Феодосия под балдахином в серебряной раке, устроенной в 1809 году. На зиму рака и мощи преп. Феодосия переносятся в Преображенскую церковь. Пред ракою Преподобного находится чудотворная икона Божией Матери, именуемая Суморинской. В настоящее время икона украшена дорогой ризой.